甘南州人民检察院现任领导班子由检察长、4名副检察长和政治部主任、州纪委监委派驻纪检监察组组长共7人组成。

甘南州人民检察院下辖合作、夏河、卓尼、临潭、舟曲、迭部、碌曲、玛曲8个基层检察院。

全州检察机关共有政法专项编制289个，人员分为员额检察官、检察辅助人员、司法行政人员以及聘用制书记员。